Pages

RiceNet Petakan Protein Gen Skala Genom Tanaman Padi

Jurnal KeSimpulan.com - Model skala genome gen padi untuk inovasi biofuel. Padi adalah tanaman rumput bunga, tapi milyaran perut di Bumi tidak dapat kenyang tanpanya.

Apa untungnya harga pangan murah jika para petani tetap miskin? Kebijakan pangan murah tidak berarti harus miskinisasi dan mengorbankan petani. Sekarang petani memiliki keputusan untuk mengembangkan bisnis mereka.

Model skala genom pertama yang memprediksi fungsi dan jaringan gen spesies rumput telah dikembangkan tim peneliti internasional.

Program dikembangkan U.S. Department of Energy’s Joint BioEnergy Institute (JBEI) yaitu kemitraan multi-institusi oleh Lawrence Berkeley National Laboratory (Berkeley Lab).

RiceNet menjadi model sistem interaksi gen padi yang harus membantu mempercepat pengembangan tanaman baru untuk produksi biofuel serta meningkatkan produksi dan kualitas.

"Dengan RiceNet, satu gen pada suatu waktu berdasarkan data dari satu set eksperimen tunggal, kita dapat memprediksi fungsi seluruh jaringan gen serta jalur genetik yang mengatur seluruh proses biologis," kata Pamela Ronald, genetikawan tanaman di JBEI.

Beras adalah makanan pokok setengah populasi dunia dan model spesies monocotyledonous sangat berguna sebagai model rumput perenial seperti Miscanthus and Switchgrass sebagai kandidat bahan utama selulosa biofuel.

Platform model jaringan untuk memprediksi fungsi gen sangat dibutuhkan. Namun, sampai sekarang jumlah gen padi hanya 41.000 dibandingkan dengan 27.000 untuk Arabidopsis.

"RiceNet dibangun berdasarkan data publik yang tersedia 24 set dari 5 spesies serta jaringan 100 protein respon yang dibangun melalui pemetaan interaksi protein."

"Kami melakukan eksperimen validasi daya prediksi RiceNet untuk gen yang terlibat dalam respon imun bawaan padi."

"RiceNet menawarkan rute menarik dan potensi cepat untuk memfokuskan upaya rekayasa tanaman set gen kecil yang dianggap paling mungkin untuk mempengaruhi sifat-sifat."
Genetic dissection of the biotic stress response using a genome-scale gene network for rice

Insuk Lee1, Young-Su Seo2, Dusica Coltrane2, Sohyun Hwang1, Taeyun Oh1, Edward M. Marcotte3,4, dan Pamela C. Ronald2,5,6
  1. Department of Biotechnology, College of Life Science and Biotechnology, Yonsei University, 262 Seongsanno, Seodaemun-gu, Seoul 120-749, Korea
  2. Department of Plant Pathology, University of California, Davis, CA 95616
  3. Center for Systems and Synthetic Biology, and
  4. Department of Chemistry and Biochemistry, Institute for Cellular and Molecular Biology, University of Texas, Austin, TX 78712-1064
  5. Joint Bioenergy Institute, Emeryville, CA 94608
  6. The Genome Center, University of California, Davis, California 95616
PNAS October 31, 2011

Akses : DOI: 10.1073/pnas.1110384108
Pamela Ronald http://www.jbei.org/about/pam-ronald.shtml

U.S. Department of Energy’s Joint BioEnergy Institute (JBEI) http://energy.gov/
Lawrence Berkeley National Laboratory (Berkeley Lab) http://www.lbl.gov/

Gambar : Insuk Lee

Artikel Lainnya: