Pages

Membangun Keanekaragaman Gen Strain Tikus Lab

Jurnal KeSimpulan.com - Membangun seekor tikus yang lebih baik. Collaborative Cross project meningkatkan keanekaragaman dan membantu perburuan gen penyakit.

Hampir satu abad, namun genetika tikus akhirnya menyelesaikan pekerjaan yang dimulai oleh Abbie Lathrop, mantan guru sekolah yang membudidaya strain tikus laboratorium pertama di awal 1900-an.

Namun hewan tersebut hanya membawa sepotong keragaman genetik yang ditemukan pada tikus liar. Ratusan strain tikus laboratorium yang digunakan saat ini masih memiliki berbagai sifat yang cukup sempit sehingga menghambat pencarian gen penyebab penyakit.

Sekarang, Collaborative Cross, sebuah proyek ambisius membuat varietas ratusan tikus yang mewakili keragaman genetik lebih luas. Strain tikus baru memiliki beberapa perbedaan satu sama lain mulai dari variasi warna bulu hingga panjang ekor dan dilaporkan ke Genome Research.

Sejauh ini petunjuk gen tidak mudah ditemukan dalam eksperimen laboratorium menggunakan strain standar. Banyak strain laboratorium klasik seperti C57BL/6, tikus pertama dilakukan sekuens genom, memberi diskripsi untuk leluhur yang sama.

Strain berbeda satu sama lain seperti kemampuan dalam melawan infeksi tidak sebanyak seperti halnya tikus liar. Potongan besar genom strain pada dasarnya identik sehingga sulit dan memakan waktu untuk menghubungkan sifat-sifat tertentu dalam gen tunggal.

"Semua orang menyadari ada variasi besar, kita tidak dapat melihat sama sekali," kata Richard Mott, genetikawan statistik dari University of Oxford di Inggris.

Dimulai tahun 2005 di US Department of Energy's Oak Ridge National Laboratory, Collaborative Cross project memilih lima jenis inbrida klasik bersama dengan tiga strain baru yang dikembangkan dari keturunan strain liar. Untuk membuat strain genetik inbrida seragam, saudara dan saudarinya dikawinkan untuk banyak generasi.

Sejauh ini, Collaborative Cross telah membangun sekitar 30 garis tikus sepenuhnya inbrida, kata Gary Churchill, genetikawan tikus dari Jackson Laboratory di Bar Harbor, Maine.

Fuad Iraqi, genetikawan dari Tel Aviv University di Israel, menguji kerentanan 66 strain inbrida terhadap infeksi Aspergillus fumigatus, jamur tanah yang menyebabkan penyakit pernapasan pada manusia.

Tikus bertahan antara 4 dan 28 hari setelah infeksi. Berdasarkan informasi genotipe strain baru dan sekuens genom delapan strain leluhur, tim Iraqi memetakan perbedaan-perbedaan waktu kelangsungan hidup hanya beberapa wilayah genom yang mengandung sejumlah kecil gen.

"Sungguh menakjubkan," kata Iraqi yang mengambil pendekatan sama untuk melawan bakteri Klebsiella pneumoniae dan sifat-sifat lainnya.

Tikus Collaborative Cross menjadi lebih berharga ketika peneliti dapat menarik korelasi sifat-sifat yang tampaknya berbeda yang memiliki asal-usul genetik umum. Untuk itulah harus ada database yang terintegrasi.
Genetic analysis in the Collaborative Cross breeding population

Vivek M. Philip1,2 et.al.
  1. Systems Genetics Group, Biosciences Division, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, Tennessee 37831, USA
  2. Genome Science and Technology Program, University of Tennessee, Knoxville, Tennessee 37996, USA
Genome Research, July 6, 2011.

Download dan Akses : DOI:10.1101/gr.113886.110

Collaborative Cross mice and their power to map host susceptibility to Aspergillus fumigatus infection

Caroline Durrant1 et.al.
  1. Wellcome Trust Centre for Human Genetics, University of Oxford, Oxford OX3 7BN, United Kingdom
Genome Research, April 14, 2011

Download dan Akses : DOI:10.1101/gr.118786.110
Richard Mott http://www.well.ox.ac.uk/richard-mott
Fuad Iraqi http://www2.tau.ac.il/Person/medicine/researcher.asp?id=agigeeicd

Artikel Lainnya: