Pages

Variasi Ekspresi Gen Di Major Histocompatibility complex (MHC) Manusia

Jurnal KeSimpulan.com - Major histocompatibility complex (MHC) di lengan pendek kromosom 6 adalah wilayah gen paling padat dalam DNA dengan 230 gen berdesakan dalam hamparan genom.

MHC dikenal memainkan peran penting dalam sistem kekebalan tubuh dan sekitar sepertiga pengkodean gen yang ada diketahui memiliki fungsi kekebalan (fungsi semua gen belum dikenal sehingga bisa lebih). Jadi tidak mengherankan variasi DNA di daerah ini telah dikaitkan dengan penyakit autoimun seperti diabetes tipe 1, rheumatoid arthritis, dan penyakit coeliac.

Tetapi MHC juga telah dikaitkan dengan penyakit tidak terkait dengan sistem kekebalan tubuh termasuk kanker payudara, asma, penyakit menular dan efek samping obat tertentu. Wilayah genetik ini memiliki jumlah terbesar terkait penyakit, namun menemukan hubungan genetik dengan kondisi tersebut tidak mudah.

"Ini masalah lama," kata Julian Knight dari Wellcome Trust Centre for Human Genetics [WTCHG] di Oxford University.

Karena panjang dan besar DNA dalam MHC termasuk seluruh lini gen cenderung mendapatkan warisan bersama-sama, jadi orang dikelompokkan dengan set seluruh variasi DNA yang sama. Karena variasi warisan atau 'linkage disequilibrium' sangat kuat dalam MHC maka sangat sulit untuk membongkar apa yang ada di balik setiap perubahan DNA yang satu terkait dengan penyakit tertentu. Bisa jadi ada hubungan dengan gen tertentu yang berpengaruh atau bisa juga lain dari banyak gen yang erat digabungkan untuk itu.

Tubuh memiliki banyak lapisan kontrol untuk memastikan gen hanya aktif di tempat yang tepat dan dalam jumlah yang tepat. Proses sentral tentu saja sama yaitu urutan DNA menjadi RNA membaca kode dari mana protein diproduksi. Tetapi pada setiap tahap ada checks and balances untuk memastikan setiap gen dan produk bekerja pada tingkat yang tepat untuk menjaga proses pengkodean.

Mungkin perubahan DNA bisa mengubah struktur protein yang dikodekan oleh gen, tetapi juga dapat mengubah aktivitas gen atau kontrol yang lain. Ini bisa mengubah gen atau mematikan, atau mengubah bentuk akhir protein yang dihasilkan.

Claire Vandiedonck, Julian Knight dan rekannya meneliti beberapa kemungkinan dengan melihat bagaimana set varian DNA coinherited di MHC mungkin menyebabkan perubahan dalam 'ekspresi gen'. Mengendalikan ekspresi gen (jumlah RNA yang diproduksi gen) adalah cara untuk mengubah atas dan ke bawah aktivitas gen.

Para peneliti mematakan ekspresi gen di MHC untuk tiga set umum varian DNA coinherited yang diketahui terkait dengan penyakit dan dilaporkan ke jurnal Genome Research. Peneliti harus merancang dan membangun chip DNA mereka sendiri dengan berbagai urutan di wilayah MHC.

"We just couldn’t take an off-the-shelf microarray to get these results," kata Julian.

Mereka menemukan set varian di MHC tersebut menyebabkan perbedaan dalam ekspresi gen dan ini adalah efek yang umum. Sekitar 96 dari 230 gen di MHC menunjukkan perbedaan ekspresi.

"Ada lebih banyak perbedaan ekspresi gen. Ada juga banyak ekspresi DNA di antara gen, sepertiga dari RNA yang dihasilkan berasal dari luar gen yang diketahui," kata Julian.
Pervasive haplotypic variation in the spliceo-transcriptome of the human major histocompatibility complex

Claire Vandiedonck1,2,3,4
  1. Wellcome Trust Centre for Human Genetics, Oxford University, Oxford OX3 7BN, United Kingdom
  2. INSERM, UMRS-958, 75010 Paris, France
  3. Université Paris 7 Denis-Diderot, 75013 Paris, France
  4. MRC Human Genetics Unit, Edinburgh EH4 2XU, United Kingdom
Genome Research, May 31, 2011

Download dan Akses : DOI:10.1101/gr.116681.110
Julian Knight http://www.well.ox.ac.uk/jknight/

Artikel Lainnya:

No comments:

Post a Comment