Pages

Kontroversi Laporan Trypanosoma cruzi Bisa Transfer Gen Lateral dan Vertikal

Jurnal KeSimpulan.com - Retraksi dibenarkan? Dua studi baru berusaha untuk memvalidasi laporan tahun 2004 tentang transfer gen parasit ke host, tetapi tetap ada skeptisisme.

Microparasite yang menyebabkan penyakit Chagas benar-benar dapat mengintegrasikan sedikit materi genetik ke dalam genome hostnya di mana dapat diwariskan pada keturunan host, demikian menurut dua studi yang dilaporkan ke PLoS ONE dan PLoS Neglected Tropical Diseases (PLoS NTD).

Temuan yang mungkin merupakan dokumentasi pertama transfer genetik lateral dari parasit ke host dan transfer vertikal untuk keturunan host, muncul untuk mengkonfirmasi temuan yang dilaporkan pada tahun 2004 ke Cell, tetapi ketidakpastian terus menyelimuti para ilmuwan.

"Saya pikir ini sangat menarik dan bisa menjelaskan banyak hal tentang Chagas," kata Cédric Feschotte, genomikawan evolusi dari University of Texas di Arlington, yang tidak terlibat dalam penelitian ini.

"Implikasi besar, tetapi klaim luar biasa memerlukan garis bukti luar biasa ... dan itu belum ada pada beberapa bagian penting dari bukti," seperti konfirmasi dari situs integrasi dan bukti konklusif integrasi DNA pada keturunannya, kata Feschotte.

"Saya tidak sepenuhnya yakin. Tapi saya senang dengan kemungkinan virus diketahui mengintegrasikan diri ke dalam genome manusia. Tetapi kebanyakan orang berpikir DNA bakteri dan DNA parasit tidak mengintegrasikan," kata Julie Dunning Hotopp, mikrobiolog dari University of Maryland School of Medicine, yang tidak terlibat dalam penelitian ini.

Chagas adalah penyakit parasit tropis yang dapat menyebabkan kerusakan jantung. Dikirim oleh protozoa Trypanosoma cruzi, namun rincian dimana T. Cruzi menyebabkan Chagas telah lama membuat bingung ilmuwan.

Pada tahun 2004, Antônio Teixeira dari Chagas Disease Multidisciplinary Research Laboratory di University of Brasilia dan koleganya menemukan T. Cruzi dapat mentransfer materi genetik pada kelinci, ayam, dan manusia. Para peneliti menyarankan transfer lateral tersebut khususnya parasit mitochondrial kinetoplast DNA (kDNA) dapat menyebabkan penyakit dengan mengganggu fungsi gen host dan menyebabkan respon autoimun. Mereka melaporkan temuan ke Cell pada edisi Juli, juga melaporkan bukti DNA parasit pada keturunan individu yang terinfeksi.

Tetapi tahun berikutnya, pihak Cell mencabut laporan tanpa persetujuan peneliti dan tanpa banyak penjelasan yang menyatakan bahwa ada "kekhawatiran" mengenai situs integrasi DNA tertentu dan data itu "tidak memberikan cukup bukti kuat untuk hipotesis utama," menurut tinjauan independen.

Nancy Sturm, dari University of California di Los Angeles, peneliti yang terlibat dalam penelitian mengatakan "sangat terkejut" atas pencabutan tersebut.

"Rasanya semua dilakukan di balik pintu tertutup," kata Sturm, bahwa ada masalah identifikasi Teixeira dan analisis situs tertentu integrasi DNA yang katanya merupakan salah satu bagian penting namun relatif kecil.

Mereka yang mencari-cari kesalahan laporan mengutip teknik yang digunakan sangat rentan metodologis dan tes tambahan diperlukan untuk mengkonfirmasi bahwa DNA terpadu harus diwariskan kepada keturunan.

"[Retraksi ini] tindakan sangat dramatis karena didasarkan stigmatisasi peneliti," kata Etienne Joly, aktivis open access dari CNRS di Perancis, yang tidak terlibat dalam penelitian.

"Mereka akan memiliki sepuluh kali lebih banyak rintangan untuk melompat karena setiap orang mencurigai bahwa ada kesalahan pencabutan tanpa membuktikan adalah kecurangan, kesalahan atau salah tafsir, bruto.. itu sama sekali tidak bisa diterima sejauh yang saya ketahui," kata Joly.

Lynne Herndon, presiden dan CEO Cell, pada saat pencabutan tersebut menolak berkomentar, dan Emilie Marcus, editor eksekutif Cell, juga menolak berkomentar. Teixeira menanggapi banyak permintaan dari Cell untuk klarifikasi data sebelum pencabutan. Tetapi Teixeira tetap yakin pada datanya.

Teixeira kini melaporkan dua studi yang memvalidasi temuan sebelumnya. Pertama ke PLoS ONE pada bulan Februari 2010, Teixeira dan rekan-rekannya sekali lagi mengklaim bahwa mereka telah menunjukkan bukti transfer DNA lateral dari kDNA T. Cruzi ke berbagai retrotransposable LINE elements host manusia dengan progeni lima keluarga yang menunjukkan transmisi vertikal dari integrasi tersebut.

Laporan lain ke PLoS NTD memperluas temuan ke model ayam di mana parasit itu sendiri tidak dapat ditularkan melalui telur. Dengan demikian, klaim Teixeira, bukti DNA T. Cruzi untuk keturunan individu yang terinfeksi harus terintegrasi dalam DNA dan transmisi melalui germline tersebut. Sekali lagi, tim tersebut memberikan bukti transfer DNA lateral dan vertikal dari parasit ke host dengan ayam menunjukkan gejala seperti Chagas.

"Data temuan di PLoS ONE dan PLoS NTD mengkonfirmasi dan memperluas semua data kami sebelumnya dan informasi dimana Cell secara sepihak mencabut. Data dan informasi ke Cell sudah benar dan hasilnya konsisten dengan kesimpulan yang diambil," kata Teixeira.

"Dalam model ayam Anda pasti melihat integrasi dan hanya menyampaikan sekuens DNA, dan bukan parasit untuk progeni," kata Sturm.

Tetapi tidak semua orang yakin. Sebagian besar bukti yang diberikan pada semua tiga laporan didasarkan pada PCR yang mengungkapkan bit DNA hibrid yang mengandung sekuens genetik baik dari trypanosome dan host. PCR sangat rentan terhadap artefak, kata Dunning Hotopp.

"Setiap kali Anda melakukan PCR dan Anda memiliki sekuens yang biasa terjadi antara dua potongan DNA, Anda memiliki potensi untuk menciptakan chimera, yang kemudian diperkuat selama putaran PCR berikutnya. Hasil dari metode bisa chimeras yang terlihat seperti transfer gen lateral. Saya tidak berpikir itu yang terjadi, tapi saya pikir itu masih menjadi pertanyaan terhadap laporan ini," kata Dunning Hotopp.

Menurut beberapa peneliti, Teixeira dan timnya dengan mudah bisa memadamkan kontroversi seputar tiga makalah. Untuk memvalidasi hasil PCR, Feschotte mencatat, penting untuk menggunakan primer spesifik yang terletak di wilayah yang mengapit penyisipan yang dicurigai dan memverifikasi sekuens.

"Itu benar-benar akan menjadi paku di peti mati, tetapi mereka tidak melakukan itu," kata Feschotte.

Validasi potensial lain untuk memvisualisasikan situs integrasi dicurigai menggunakan teknik dikenal sebagai southern blot yang dilakukan Teixeira dan timnya. Sayangnya, beberapa peneliti tidak menemukan hasil tes ini secara konklusif.

Ada bukti beban tinggi untuk transfer DNA lateral yang tidak selalu dipenuhi, "hal ini sering menjadi masalah dalam laporan transfer gen lateral. Ketika Anda membaca koran terlihat baik-baik tetapi ketika Anda pergi ke dalam database dan melihat sekuens, itu bukan meyakinkan," kata Dunning Hotopp.

Namun, kebanyakan ilmuwan yang telah melihat temuan Teixeira, berpikir bahwa ada beberapa kebenaran bahwa individu yang terinfeksi T. Cruzi kemungkinan mengintegrasikan kDNA parasit ke dalam genome mereka dan diturunkan.

"Saya masih berpikir ke sesuatu yang sangat menarik. Saya berpikir bahwa apa yang mereka temukan tentang Chagas benar-benar penting. Saya memiliki feeling mereka tidak melakukan eksperimen yang tepat untuk mengajukan pertanyaan yang tepat. Bahkan jika Anda memiliki pengamatan yang menarik di tempat pertama, jika dokumen buruk maka Anda memberikan nama yang buruk untuk observasi," kata Joly.
Trypanosoma cruzi in the Chicken Model: Chagas-Like Heart Disease in the Absence of Parasitism

Penulis :

Antonio R. L. Teixeira1, et.al

Afiliasi :
  1. Chagas Disease Multidisciplinary Research Laboratory, Faculty of Medicine, University of Brasilia, Brasilia, Federal District, Brazil
Penerbit : PLoS Negl Trop Dis 5(3): e1000, March 29, 2011

Download dan Akses : DOI:10.1371/journal.pntd.0001000

Inheritance of DNA Transferred from American Trypanosomes to Human Hosts

Penulis :

Mariana M. Hecht1

Afiliasi :
  1. Chagas Disease Multidisciplinary Research Laboratory, Faculty of Medicine, University of Brasilia, Brasília, Federal District, Brazil
Penerbit : PLoS ONE 5(2): e9181, February 12, 2010

Download dan Akses : DOI:10.1371/journal.pone.0009181
Cédric Feschotte http://www.uta.edu/biology/feschotte/
Julie C Hotopp http://medschool.umaryland.edu/facultyresearchprofile/viewprofile.aspx?id=20308
Nancy Sturm http://www.mimg.ucla.edu/faculty/campbell/
Etienne Joly http://f1000.com/thefaculty/member/1613334334127718

Artikel Lainnya:

No comments:

Post a Comment