Pages

Genomika Populasi dan Adaptasi Lokal Model Mikrobial Eukaryote Neurospora crassa

Jurnal KeSimpulan.com - Membalik ekologi mengungkapkan gen adaptasi. Pergeseran genomika jamur Neurospora crassa mengungkap korelasi suhu dan spesiasi.

Menghubungkan perubahan genomik dengan menghasilkan fenotip dan adaptasi bisa rumit, terutama pada organisme mikroskopis. Untuk menghadapi tantangan ini para peneliti sering menggunakan sebuah pendekatan "forward ecology" yang diawali dengan sifat adaptif dan kemudian memeriksa kandidat gen yang terkait dengan sifat tersebut dengan membandingkan gen berbagai spesies.

Christopher Ellison, mikrobiolog dari University of California di Berkeley, CA, dan rekan peneliti malah menggunakan pendekatan "reverse ecology" yang pertama dilakukan untuk mengidentifikasi gen dan kemudian menyimpulkan ciri-ciri yang bertanggung jawab untuk adaptasi ekologis. Para peneliti mengurutkan transcriptomes 48 isolat mikrobial eukaryote Neurospora crassa dari Amerika Selatan, Afrika, dan basin Karibia yang meliputi Florida, Haiti, dan Yucatan.

Para peneliti mengidentifikasi dua populasi terbaru yang menyimpang (yaitu satu dari basin Karibia dan endemik lainnya subtropis Louisiana) dan memindai populasi transcriptomes ini untuk mengidentifikasi wilayah divergensi ekstrim yang dikenal sebagai genomic “islands“. Dengan pendekatan ini dapat untuk menemukan gen di dalam genomic islands yang dapat mengaktifkan keberadaan dua populasi di lingkungan yang sangat berbeda.

Para peneliti menemukan beberapa gen berperan dalam toleransi dingin yang masuk akal pada perbedaan suhu antar lingkungan 9oC. Salah satu pengaruh gen ritme sirkadian (mengingat lintang yang berbeda di mana dua populasi tinggal) meningkatkan kemungkinan panjang hari yang menjadi faktor penting lingkungan yang mempengaruhi kelangsungan hidup populasi, kata Ellison melapor ke Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS).
Population genomics and local adaptation in wild isolates of a model microbial eukaryote

Penulis :

Christopher E. Ellison1
Charles Hall1
David Kowbel1
Juliet Welch1
Rachel B. Brem1
N. L. Glass1
John W. Taylor1

Afiliasi :
  1. Molecular and Cell Biology, University of California, Berkeley, CA 94720-3102
Penerbit : Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS)

Download dan Akses : DOI:10.1073/pnas.1014971108
Christopher E. Ellison http://plantbio.berkeley.edu/~taylor/people/ce.html

Credit : PNAS

Artikel Lainnya:

No comments:

Post a Comment