Pages

Kalibrasi Evolusi Jangka Panjang Fosil Genome Hepadnaviruses

KeSimpulan.com - Karena masih banyak virus yang cepat bermutasi dan tidak adanya catatan fosil maka evolusi dan tingkat substitusi jangka panjang masih kurang dipahami.

Selain retrovirus yang mengandalkan integrasi kromosom untuk replikasi, banyak virus lain bereplikasi dalam inti sel inang, oleh karena itu rentan terhadap endogenisasi, sebuah proses yang melibatkan integrasi DNA virus ke dalam genome germline host dalam jangka panjang diwariskan secara vertikal.

Virus endogen sangat berharga karena menjadi fosil molekul invasi virus di masa lalu yang dapat digunakan untuk menguraikan asal-usul dan karakteristik evolusi jangka panjang dari virus patogen modern. Hepadnaviruses (Hepadnaviridae) adalah keluarga kecil, sebagian virus DNA double-stranded termasuk virus Hepatitis B.

Laporan ini tentang temuan Hepadnaviruses endogen dalam genome finch zebra. Peneliti menggunakan kombinasi analisis silang-spesies insersi orthologous, dating molekuler, dan analisis filogenetik untuk menunjukkan hepadnaviruses secara berulang menyusup dalam genome germline. Peneliti memberi bukti beberapa peristiwa integrasi hepadnavirus pada burung setidaknya 19 juta tahun yang lalu, suatu leluhur yang lebih lama daripada yang disimpulkan berdasarkan waktu koalesensi hepadnaviruses modern.

Selanjutnya, kesamaan sekuens antara hepadnaviruses endogen burung dan masih ada (hingga 75% identitas) menunjukkan bahwa tingkat substitusi jangka panjang untuk virus ini berada di urutan 10-8 substitusi per situs per tahun yang merupakan 1.000 kali lipat lebih lambat dari estimasi rentang jangka pendek berdasarkan peredaran gen hepadnaviruses.

Temuan ini menyiratkan pergeseran drastis pemahaman tentang skala waktu evolusi hepadnavirus dan menyarankan bahwa dinamika evolusi mencirikan hepadnaviruses burung modern tidak mencerminkan modus evolusi pada skala waktu.


Genomic Fossils Calibrate the Long-Term Evolution of Hepadnaviruses

Penulis :
Clément Gilbert1
Cédric Feschotte1

Afiliasi :
  1. Department of Biology, University of Texas, Arlington, Texas, United States of America

DOI:10.1371/journal.pbio.1000495
Penerbit:PLoS Biology
Tahun:September 28, 2010
Download:Full Text (PDF)
Baca Artikel:Virus Kuno Hepatitis B Ditemukan Dalam Genome Burung Pipit

Artikel Lainnya:

No comments:

Post a Comment